بعد مرور أربعة عشر عامًا تقريبًا على الجزء الأول لمسلسل يوميات مدير عام، يأتي الجزء الثاني في محاولة لمعاصرة المشاكل البيروقراطية والإدارية، ويتحدث عن عودة الدكتور أحمد عبد الحق (أيمن زيدان) لمزاولة مهنته كطبيب بعد أن يئس من قدرته على تغيير الفساد في المديرية، قبل أن يتم تكليفه باستلام منصب المدير العام في مديرية أخرى مملوءة بالفساد، وبعد أن حاول استخدام التنكر في كشف الفساد بالجزء الأول، إلا أنه لن يستطيع استخدام سلاح التنكر هذه المرة لكون هذا الأمر أصبح معروفًا لدى الموظفين، لذلك يلجأ إلى وسائل أخرى في محاربة الفساد والرشاوى.